Études de cas
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Entreprise & sujet
Laboratoire Pharmaceutique : identifier des biomarqueurs nucléiques oncologiques (ADN et ARN) dans des biopsies liquides (plasma) dans le but de développer un diagnostic non invasif et une thérapie personnalisée.
Besoin
Mise en place d’un protocole de séquençage et d’identification de biomarqueurs tumoraux.
Prestations réalisées
- Rédaction du protocole : préparation des échantillons, choix des technologies NGS (haut débit) adaptées (Illumina, Roche 454, Ion torrent: Proton / PGM, SOLiD)
- Contrôle qualité / Nettoyage de données
- Analyse in silico des données de RNASeq et DNASeq :
- Calcul d’expression
- Comparaison d’expression entre échantillons
- Analyse exploratoire des données (analyses en composantes principales, analyses des correspondances multiples)
- Identification de signatures de gènes différentiellement exprimés en fonction du fold change, p-value ajustée et AUC (Area Under ROC Curve ) (Volcano Plot, listes de gènes différentiellement exprimés et venn diagram entre les signatures).
- Visualisation des gènes (Heatmap, scater plot).Tri statistiques des données multi-critères
- Analyse fonctionnelle des gènes
- Intégration de données de bases publiques et propriétaires
- Tri statistique des données multi-critères (RNA, mutations, CNV…) (Elastic Net, Random Forest)
- Rédaction d’un rapport, aide à la publication et présentation des résultats
Livrables & bénéfices
- Documentations de l’étude (bibliographie)
- Base de données génomique & transcriptomique (banques ADN, ADNc)
- Rapports d’analyse fonctionnelle
Entreprise & sujet
Laboratoire Pharmaceutique : identifier des biomarqueurs nucléiques oncologiques (ADN et ARN) dans des biopsies liquides (plasma) dans le but de développer un diagnostic non invasif et une thérapie personnalisée.
Besoin
Mise en place d’un protocole de séquençage et d’identification de biomarqueurs tumoraux.
Prestations réalisées
- Rédaction du protocole : préparation des échantillons, choix des technologies NGS (haut débit) adaptées (Illumina, Roche 454, Ion torrent: Proton / PGM, SOLiD)
- Contrôle qualité / Nettoyage de données
- Analyse in silico des données de RNASeq et DNASeq :
- Calcul d’expression
- Comparaison d’expression entre échantillons
- Analyse exploratoire des données (analyses en composantes principales, analyses des correspondances multiples)
- Identification de signatures de gènes différentiellement exprimés en fonction du fold change, p-value ajustée et AUC (Area Under ROC Curve ) (Volcano Plot, listes de gènes différentiellement exprimés et venn diagram entre les signatures).
- Visualisation des gènes (Heatmap, scater plot).Tri statistiques des données multi-critères
- Analyse fonctionnelle des gènes
- Intégration de données de bases publiques et propriétaires
- Tri statistique des données multi-critères (RNA, mutations, CNV…) (Elastic Net, Random Forest)
- Rédaction d’un rapport, aide à la publication et présentation des résultats
Livrables & bénéfices
- Documentations de l’étude (bibliographie)
- Base de données génomique & transcriptomique (banques ADN, ADNc)
- Rapports d’analyse fonctionnelle
Entreprise & sujet
Laboratoire Pharmaceutique : identifier des biomarqueurs nucléiques oncologiques (ADN et ARN) dans des biopsies liquides (plasma) dans le but de développer un diagnostic non invasif et une thérapie personnalisée.
Besoin
Mise en place d’un protocole de séquençage et d’identification de biomarqueurs tumoraux.
Prestations réalisées
- Rédaction du protocole : préparation des échantillons, choix des technologies NGS (haut débit) adaptées (Illumina, Roche 454, Ion torrent: Proton / PGM, SOLiD)
- Contrôle qualité / Nettoyage de données
- Analyse in silico des données de RNASeq et DNASeq :
- Calcul d’expression
- Comparaison d’expression entre échantillons
- Analyse exploratoire des données (analyses en composantes principales, analyses des correspondances multiples)
- Identification de signatures de gènes différentiellement exprimés en fonction du fold change, p-value ajustée et AUC (Area Under ROC Curve ) (Volcano Plot, listes de gènes différentiellement exprimés et venn diagram entre les signatures).
- Visualisation des gènes (Heatmap, scater plot).Tri statistiques des données multi-critères
- Analyse fonctionnelle des gènes
- Intégration de données de bases publiques et propriétaires
- Tri statistique des données multi-critères (RNA, mutations, CNV…) (Elastic Net, Random Forest)
- Rédaction d’un rapport, aide à la publication et présentation des résultats
Livrables & bénéfices
- Documentations de l’étude (bibliographie)
- Base de données génomique & transcriptomique (banques ADN, ADNc)
- Rapports d’analyse fonctionnelle
Entreprise & sujet
Laboratoire Pharmaceutique : identifier des biomarqueurs nucléiques oncologiques (ADN et ARN) dans des biopsies liquides (plasma) dans le but de développer un diagnostic non invasif et une thérapie personnalisée.
Besoin
Mise en place d’un protocole de séquençage et d’identification de biomarqueurs tumoraux.
Prestations réalisées
- Rédaction du protocole : préparation des échantillons, choix des technologies NGS (haut débit) adaptées (Illumina, Roche 454, Ion torrent: Proton / PGM, SOLiD)
- Contrôle qualité / Nettoyage de données
- Analyse in silico des données de RNASeq et DNASeq :
- Calcul d’expression
- Comparaison d’expression entre échantillons
- Analyse exploratoire des données (analyses en composantes principales, analyses des correspondances multiples)
- Identification de signatures de gènes différentiellement exprimés en fonction du fold change, p-value ajustée et AUC (Area Under ROC Curve ) (Volcano Plot, listes de gènes différentiellement exprimés et venn diagram entre les signatures).
- Visualisation des gènes (Heatmap, scater plot).Tri statistiques des données multi-critères
- Analyse fonctionnelle des gènes
- Intégration de données de bases publiques et propriétaires
- Tri statistique des données multi-critères (RNA, mutations, CNV…) (Elastic Net, Random Forest)
- Rédaction d’un rapport, aide à la publication et présentation des résultats
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Besoin
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Prestations réalisées
- Rédaction du protocole : préparation des échantillons, choix des technologies NGS (haut débit) adaptées (Illumina, Roche 454, Ion torrent: Proton / PGM, SOLiD)
- Contrôle qualité / Nettoyage de données
- Analyse in silico des données de RNASeq et DNASeq :
- Calcul d’expression
- Comparaison d’expression entre échantillons
- Analyse exploratoire des données (analyses en composantes principales, analyses des correspondances multiples)
- Identification de signatures de gènes différentiellement exprimés en fonction du fold change, p-value ajustée et AUC (Area Under ROC Curve ) (Volcano Plot, listes de gènes différentiellement exprimés et venn diagram entre les signatures).
- Visualisation des gènes (Heatmap, scater plot).Tri statistiques des données multi-critères
- Analyse fonctionnelle des gènes
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- Tri statistique des données multi-critères (RNA, mutations, CNV…) (Elastic Net, Random Forest)
- Rédaction d’un rapport, aide à la publication et présentation des résultats
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Besoin
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Prestations réalisées
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